股权转让的程序主要如下：
一、召开公司股东大会，研究股权出售和收购股权的可行性，分析出售和收购股权的目的是否符合公司的战略发展，并对收购方的经济实力经营能力进行分析，严格按照公司法的规定程序进行操作。
二、聘请律师进行律师尽职调查。
三、出让和受让双方进行实质性的协商和谈判。
四、 出让方(国有、集体)企业向上级主管部门提出股权转让申请，并经上级主管部门批准。
五、评估、验资(私营有限公司也可以协商确定股权转让价格)。
六、 出让的股权属于国有企业或国有资有限公司的，需到国有资产办进行立项、确认，然后再到资产评估事务所进行评估。 其他类型企业可直接到会计事务所对变更后的资本进行验资。
七、 出让方召开职工大会或股东大会。 集体企业性质的企业需召开职工大会或职工代表大会，按照《中华人民共和国工会法》规定的程序形成职代会决议。 有限责任公司需召开股东(部分)大会，并形成股东大会决议，按照公司章程规定的程序和表决方法通过并形成书面的股东会决议。
八、 股权变动的公司需召开股东大会，并形成决议。
九、 出让方和受让方签定股权转让合同或股权转让协议。
十、 由产权交易中心审理合同及附件，并办理交割手续(私营有限公司可不需要)。
十一、 到各有关部门办理变更、登记(包括动产、不动产及知识产权)等手续。
非控股型股权投资也可以采取成本法评估。
不论采用什么方法评估非控股型股权投资,都应考虑少数股权因素对评估值的影响。
一，主管税务机关可以核定股权转让收入：
申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由;
未按规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报后仍不申报;
转让方无法或拒不提供股权转让收入的有关资料;
其他应核定股权转让收入的情形。
其中，申报的股权转让收入被视为明显偏低的情况包括：
低于股权对应的净资产份额，特别是当被投资企业拥有上述高溢价资产时，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额;
低于初始投资成本或取得该股权所支付的价款及相关税费;
低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入;
低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入;
不具合理性的无偿让渡股权或股份;
主管税务机关认定的其他情形。
